Sobre sua própria morte
Segundo São Bernardo, São Malaquias anunciou o dia exato de sua morte (dois de novembro) estando com ele na abadia de Clairvaux.
Sobre a Irlanda
Anunciou que a Irlanda, sua pátria, será oprimida e perseguida pela Inglaterra, trazendo desgraças por sete séculos, que preservaria a fidelidade a Deus e a sua Igreja em meio a todos os problemas. No fim desse período a Irlanda seria libertada e seus opressores castigados e será instrumento fundamental para trazer a fé de volta a Inglaterra. Essa profecia foi copiada por Dom Mabillon de um antigo manuscrito de Clairvaux e transmitida pelo sucessor de Oliver Plunkett.
Sobre os Papas
A mais famosa das profecias atribuídas a São Malaquias é sobre os Papas. Ela é composta de "lemas" para cada um dos 112 papas, desde Celestino II, eleito em 1130, até o fim do mundo.
Esses "lemas" descritivos dos papas podem se referir a um símbolo de seu país de origem, a seu nome, seu escudo e armas, a seu talento ou a qualquer outra coisa referente ao Papa. Por exemplo, o lema de Urbano VIII é "Lilium et Rosa"; A era de Florença, Itália, cujo escudo tem uma flor-de-lis. Foi muito discutido se São Malaquias é o verdadeiro autor das profecias. Alguns historiadores acreditam que o manuscrito original foi escrito até o século XVI. Se São Malaquias é o autor das profecias, essas ficaram desaparecidas por mais de 400 anos. No século XVII, o Padre Menestrier, jesuíta, presenciou um a hipótese de profecia ser um plágio para influenciar as eleições de Gregório XIV no conclave de 1590. O lema que corresponde a este papa na profecia é "antiquitate urbis", que faz uma alusão a sua cidade natal e sede episcopal, Orvieto (Latin: Urbs vetus). Não existem provas para os acusadores de fraude. Porém, um dos mais respeitados historiadores do século XVI, Onófrio Panvinio, corregedor e revisor da Biblioteca do Vaticano em 1556, parece aceitar completamente a autenticidade da profecia de Malaquias.